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根据现行政策规定，企业在取得海关提供的报关信息后可进行出口退税申报，如果海关尚未将出口报关信息传送至出口退税审核系统，则在申报时会提示“此报关单信息不存在”，因此企业只能在税务机关收到海关信息后申报出口退税。然而，根据销售确认原则，在商品发出仓库时应当进行增值税申报，例如，某企业2月10日出口货物100万元，海关电子信息在4月10日才传递至税务机关，那么企业应当在发出货物当月确认销售收入并进行增值税申报，在收齐电子信息后进行出口退税申报，一些企业因为疏忽，只进行出口退税申报，而没有做增值税申报，有可能导致当年企业申报的销售收入小于实际销售收入。

一是企业发生的运费未扣除，二是企业实际支付的运保费大于海关电子信息中注明的运保费。三是一张报关单有两笔以上退税率不同的出口信息，没有按照规定分摊扣除运保费而是在出口总价中扣除，也会导致出口销售收入确认不准确。前两种情况好理解，自此举例说明第三种情况。案例：B企业生产销售汽车配件，当月出口一批货物，成交方式为C&F（成本加运费价），由于汽车配件种类较多，一张报关单上有A、B两种商品，出口退税率分别为16%和10%，金额分别为100000美元和20000美元，重量分别为1000千克和800千克，数量分别为100套和80套，海运费为4000美元。企业在申报免抵退税时应当扣除海运费，由于不同货物的退税率不同，因此海运费就应当按合理的方法进行分摊，有观点认为，船运的运费应按照货物体积分摊，空运的运费按照货物重量分摊，在实践中，为了方便计算，通常是按照销售额分摊。A商品应分摊扣除运费=4000*100000/120000=3333.33美元，B商品应分摊扣除运费=4000*20000/120000=666.67美元。

一是企业实际进口料件与进口报关单上注明的商品名称、数量、价值不相符，存在错报等情况。二是手册核销申报的边角料、剩余料件和残次品、副产品耗用的进口料件金额未作内销处理，该交的增值税未补交，造成涉税风险。

异地报关是指出口企业在非本地而在其他距离较远的口岸报关出口或商品出口目的地与出口港口明显不符(如出口至蒙古国却在上海报关)。异地报关可能存在非自产产品出口或假报关出口的情况。生产企业委托加工符合条件的可以视同自产产品报关出口，委托加工的厂家若在外地，产品就近报关符合情理，但也有企业不符合视同自产政策却从国内购进货物当做自产货物就近报关出口，从而享受出口退税，逃避增值税。更有企业与报关行勾结，表面上是异地报关，其实是虚假报关，并没有真实商品出口，从而达到骗取出口退税的目的。例如，某企业位于南京，出口目的地是美国，通常的报关地点应该是南京、上海等，如果是出口到东南亚国家，从深圳报关也可以理解，但是如果是从霍尔果斯海关报关出口，除非是中亚国家，否则均是重要的疑点。

由于出口产品质量问题，国外客户扣去相关货款，企业未冲减已申报的出口销售额，逃避缴纳增值税。

现有的出口商品退税率码库中，同类商品加工方式不同、用途不同、材质不同都会导致不同的商品代码和不同的退税率，由于同一大类产品的商品代码极为相似，企业存在以低退税率商品冒充高退税率商品骗取退税的可能。

退税率为零时，未按规定适用增值税征税政策，未按现行增值税有关申报规定进行申报。